Patricio Manque

Profesor Titular


Obtuvo su doctorado en Microbiología e Inmunologia en la Universidad Federal de Sao Paulo, Brasil (UNIFESP). Posteriormente el realizó un Postdoctorado en la misma universidad y un segundo Postdoctorado en Genómica en la Virginia Commonwealth University, Estados Unidos. Posteriormente, regresó a Chile donde fundó, en la Universidad Mayor, el primer Centro de Genómica de Chile. En este centro, comenzó a aplicar abordajes de biología de sistemas para estudiar enfermedades neurodegenerativas. En el Centro de Biologia Integrativa (CIB) el utiliza teoria de redes para identificar nuevos blancos terapéuticas en enfermedades neurodegenerativas y cancer.


Patricio Manque

PUBLICACIONES

2015-pres

  • Cordova-Delgado M, Pinto MP, Pizarro G, Koch E, Vargas C, Hernández M, Nourdin G, Saldivia P, Rodriguez Z MP, Berkovits A, Manque P, Rios JA, Garcia-Bloj B, Garrido M. Proteogenomic analysis in an early onset diffuse gastric cancer patient revealed alterations in PIK3R1, TP53, SMAD4 and a potential role of the PI3K-AKT and EGFR pathways: a case report. J Gastrointest Oncol. 2022 Aug;13(4):2057-2064. doi: 10.21037/jgo-21-780
  • Espinoza S, Grunenwald F, Gomez W, García F, Abarzúa-Catalan L, Oyarce-Pezoa S, Hernandez MF, Cortés BI, Uhrig M, Ponce DP, Durán-Aniotz C, Hetz C, SanMartín CD, Cornejo VH, Ezquer F, Parra V, Behrens MI, Manque PA, Rojas-Rivera D, Vidal RL, Woehlbier U, Nassif M.Neuronal Rubicon Represses Extracellular APP/Amyloid β Deposition in Alzheimer's Disease. Cells. 2022 Jun 7;11(12):1860. doi: 10.3390/cells11121860.
  • Bergmann CA, Beltran S, Vega-Letter AM, Murgas P, Hernandez MF, Gomez L, Labrador L, Cortés BI, Poblete C, Quijada C, Carrion F, Woehlbier U, Manque PA. The Autophagy Protein Pacer Positively Regulates the Therapeutic Potential of Mesenchymal Stem Cells in a Mouse Model of DSS-Induced Colitis. Cells. 2022 Apr 30;11(9):1503. doi: 10.3390/cells11091503
  • Cordova-Delgado M, Pinto MP, Regonesi C, Cereceda L, Reyes JM, Itriago L, Majlis A, Rodríguez P, Fassler A, Mahave M, León ME, Gallardo J, Rodríguez Z MP, Berkovits A, Manque P, Ríos JA, Garcia-Bloj B, Garrido M.Mutational Landscape and Actionable Target Rates on Advanced Stage Refractory Cancer Patients: A Multicenter Chilean Experience. J Pers Med. 2022 Jan 31;12(2):195. doi: 10.3390/jpm12020195
  • Leyton E, Matus D, Espinoza S, Benitez JM, Cortés BI, Gomez W, Arévalo NB, Murgas P, Manque P, Woehlbier U, Duran-Aniotz C, Hetz C, Behrens MI, SanMartín CD, Nassif M. DEF8 and Autophagy-Associated Genes Are Altered in Mild Cognitive Impairment, Probable Alzheimer's Disease Patients, and a Transgenic Model of the Disease. J Alzheimers Dis. 2021;82(s1):S163-S178. doi: 10.3233/JAD-201264
  • Ostria-Gallardo E, Larama G, Berríos G, Fallard A, Gutiérrez-Moraga A, Ensminger I, Manque P, Bascuñán-Godoy L, Bravo LA.Decoding Gene Networks Modules That Explain the Recovery of Hymenoglossum cruentum Cav. After Extreme Desiccation. Front Plant Sci. 2020 May 15;11:574. doi: 10.3389/fpls.2020.00574
  • Vicencio E, Beltrán S, Labrador L, Manque P, Nassif M, Woehlbier U. Implications of Selective Autophagy Dysfunction for ALS Pathology. Cells. 2020 Feb 7;9(2):381. doi: 10.3390/cells9020381
  • Beltran S, Nassif M, Vicencio E, Arcos J, Labrador L, Cortes BI, Cortez C, Bergmann CA, Espinoza S, Hernandez MF, Matamala JM, Bargsted L, Matus S, Rojas-Rivera D, Bertrand MJM, Medinas DB, Hetz C, Manque PA, Woehlbier U. Network approach identifies Pacer as an autophagy protein involved in ALS pathogenesis. Mol Neurodegener. 2019 Mar 27;14(1):14. doi: 10.1186/s13024-019-0313-9
  • De Gregorio C, Díaz P, López-Leal R, Manque P, Court FA. Purification of Exosomes from Primary Schwann Cells, RNA Extraction, and Next-Generation Sequencing of Exosomal RNAs.
    Methods Mol Biol. 2018;1739:299-315. doi: 10.1007/978-1-4939-7649-2_19
  • Matamala, J.M., R. Arias-Carrasco, C. Sanchez, M. Uhrig, L. Bargsted, S. Matus, V. Maracaja-Coutinho, S. Abarzua, B. van Zundert, R. Verdugo, P. Manque, and C. Hetz. 2018. Genome-wide circulating microRNA expression profiling reveals potential biomarkers for amyotrophic lateral sclerosis. Neurobiol. Aging. 64:123–138. doi:10.1016/j.neurobiolaging.2017.12.020.
  • Salvadores N, Sanhueza M, Manque P, Court FA.Axonal Degeneration during Aging and Its Functional Role in Neurodegenerative Disorders. Front Neurosci. 2017 Sep 4;11:451. doi: 10.3389/fnins.2017.00451
  • Nassif M, Woehlbier U, Manque PA. The Enigmatic Role of C9ORF72 in Autophagy. Front Neurosci. 2017 Aug 3;11:442. doi: 10.3389/fnins.2017.00442
  • Sánchez, C., J. Villacreses, N. Blanc, L. Espinoza, C. Martinez, G. Pastor, P. Manque, S.F. Undurraga, and V. Polanco. 2016. High quality RNA extraction from Maqui berry for its application in next-generation sequencing. Springerplus. 5. doi:10.1186/s40064-016-2906-x
  • Isaza JP, Galván AL, Polanco V, Huang B, Matveyev AV, Serrano MG, Manque P, Buck GA, Alzate JF. Revisiting the reference genomes of human pathogenic Cryptosporidium species: reannotation of C. parvum Iowa and a new C. hominis reference. Sci Rep. 2015 Nov 9;5:16324. doi: 10.1038/srep16324
  • Villacreses J, Rojas-Herrera M, Sánchez C, Hewstone N, Undurraga SF, Alzate JF, Manque P, Maracaja-Coutinho V, Polanco V.Deep sequencing reveals the complete genome and evidence for transcriptional activity of the first virus-like sequences identified in Aristotelia chilensis (Maqui Berry). Viruses. 2015 Apr 3;7(4):1685-99. doi: 10.3390/v7041685

LíNEAS DE INVESTIGACIÓN

1. El laboratorio de Biología de Redes

1. El laboratorio de Biología de Redes

El laboratorio de Biología de Redes combina la biología de sistemas con la biología molecular, bioquímica, estudios celulares y animales para comprender los mecanismos de enfermedades humanas. Se aplican enfoques basados en la teoría de redes para construir redes específicas de enfermedades que permiten identificar nuevos genes, vías, subredes responsables de la patología molecular de una enfermedad. Para lograr esto, se recopilan grandes conjuntos de datos (RNAseq, CNV, HUGE, Proteomics) y combinan con un conjunto diversas herramientas bioinformáticas, por ejemplo, el análisis funcional convergente. Este enfoque permite, (i) identificar los cambios topológicos en la estructura general de la red, (ii) desentrañar nuevos genes o nuevas interacciones asociadas con una enfermedad, y (iii) detectar posibles reguladores maestros en las redes específicas de la enfermedad. Una vez que se identifica bioinformáticamente un gen candidato, se investiga su papel durante la enfermedad con un amplio conjunto de herramientas experimentales. Este enfoque actual es la caracterización de nuevos genes implicados en el “diseasosome” de la enfermedad neurodegenerativa esclerosis lateral amiotrófica (ELA).

PROYECTOS

Activo

2021-2025 FONDECYT Regular 1210507 (Co-Investigador)

Terminados

2015-2019 FONDECYT Regular 1150743 (Co-Investigador)

2015-2019 FONDECYT Regular 1151393 (Co-Investigador)

2014-2017 USA/Chile grant USA-2013-0041 (Investigador responsable)

2012-2016 FONDECYT Regular 1131038 (Co-Investigador)

2012-2015 Anillo ACT1109 (Investigador responsable)

EQUIPO

Fernanda Hernandez Berrios
Asistente de Investigación

Ingeniero en Biotecnología, Universidad Andrés Bello. En el cargo de Asistente de investigación y organización del laborarorio, junto con el laboratorio de biología molecula

Cristian Bergmann
Estudiante de Doctorado

Licenciado en Tecnología Médica de la Universidad Mayor. Estudia las funciones de RUBCNL en las propiedades inmunomodulatorias de células madres mesenquimales.

RED

Nacional

Felipe Court, Centro de Biología Integrativa, Universidad Mayor, Chile

Marcelo Garrido, Centro de Oncologia Precision, Universidad Mayor, Chile

Ignacio Retamal, Centro de Oncologia Precision, Universidad Mayor, Chile

Internacional

Mathieu Bertrand, Inflammation Research Center, Ghent University, Ghent, Belgium

Gregory Buck, Center for Biological Complexity, Virginia Commonwealth University, Richmond, USA